Wer kennt es nicht,
mal eben eine wordpress installation angeschuckt, plugins gleich mit hochgespielt und huch, beim update der Plugins poppt ein ftp dialogfenster auf? Wo gibts denn so was?

Grund sind die Verzeichnis/Filerechte.
Achtet drauf das der Apache den User, dem die Files wp-admin/update.php gehören, kennt!
Bei mir half ein
chown www-data.www-data -R              im rootverzeichnis (Eigentümer aller Files auf www-data und Gruppe www-data setzen).
Dann evtl. noch die Zugriffsrechte mit
chmod 755 *          setzen… voila, dann klappts auch wieder mit dem auto update…